Pada Tahun 1960 Dinas PU dibagi menjadi 2 bagian yakni Kantor Pekerjaan Umum Kota Praja (PUK) dan Pekerjaan Umum Daerah (PUD), hal ini disebabkan daerah Gorontalo dimekarkan menjadi 2 wilayah yakni Kota Praja (sekarang Kota Gorontalo) dan Kabupaten Dati II Gorontalo (Sekarang Kab. Gorontalo). Kantor Pekerjaan Umum Kota Praja (PUK) dulunya menumpang di Gudang PU Seksi. Gudang yang dijadikan kantor PUK tersebut berada diatas tanah milik Sekolah Rakyat (SR) Kewedanan Gorontalo yang terletak di Kampung Heledulaa Distrik Kota, dan selanjutnya tanah tersebut diberikan oleh Penilik Sekolah Rakyat (SR) Kewedanan Gorontalo kepada PUK guna untuk pembangunan lebih lanjut kantor PUK. Saat itu Kantor Pekerjaan Umum Kota Praja (PUK) dipimpin oleh Bapak Abdul Puluhulawa.
Pada Tahun 1962 Pekerjaan Umum Kota Praja (PUK) diganti oleh Bapak Hasan Luma dan Beliau bertugas di Kantor Pekerjaan Umum Kota Praja (PUK) hanya 1 Tahun dan setelah itu diganti lagi oleh Bapak G. Nento. Beliau bertugas di Kantor Pekerjaan Umum Kota Praja (PUK) selama 3 Tahun yakni dari Tahun 1963 sampai dengan 1966. Dan Pada tahun 1967 di ganti lagi oleh bapak Mus Luneto dan Beliau bertugas di PUK selama 6 Tahun yakni 1967 sampai dengan 1972, dan setelah itu diganti oleh Bapak Ih. Moh. Latif. Beliau bertugas di PUK dari Tahun 1973 sampai dengan Tahun 1974. Dan Pada Tahun 1975 Bapak Mus Luneto kembali bertugas lagi di PUK untuk kedua kalinya. Masa Dinasnya saat itu selama 7 (tujuh) tahun yakni dari Tahun 1975 sampai dengan tahun 1981.Dan pada masa Bapak Mus Luneto memimpin PUK pada Tahun 1980 PUK berubah menjadi Dinas PU Kotamadya Gorontalo sebab waktu itu Kota Praja Gorontalo berubah menjadi Kotamdaya Gorontalo.
Pada Tahun 1982 Kepala Kantor Pekerjaan Umum Kota Praja diganti lagi oleh Bapak EDI Mahmud. Masa dinas beliau di Kantor Pekerjaan Umum Kota Praja adalah selama 2 Tahun yakni dari Tahun 1982 sampai dengan Tahun 1983. Dan pada Tahun 1983 Kepala Kantor Pekerjaan Umum Kota Praja (PUK) diganti lagi oleh Bapak Berny Jassin. Masa Dinas beliau bertugas di Kantor Pekerjaan Umum Kota Praja adalah selama 5 (lima) tahun yakni dari tahun 1983 sampai dengan 1988. Dan pada tahun 1988 Kepala Kantor Pekerjaan Umum Kota Praja (PUK) diganti lagi oleh Ir. Jhony Lolong. Masa Dinas beliau selama 3 (tiga) Tahun yakni dari Tahun 1988 sampai dengan 1991. Pada masa kedinasan Bapak Lolong ada pembangunan Kantor baru untuk Dinas PU Kotamdya Gorontalo yang berlokasi didepan Kantor Lama PUK (Gudang PU Seksi). Dinas PU Kotamadya Gorontalo terdiri dari Bagian Teknik, Bagian Bengkel, Bagian Gudang, Bagian Jalan dan jembatan dan Bagian Pengawasan Bangunan.
Pada Tahun 1991 Kepala kantor Pekerjaan Umum Kota Praja (PUK) diganti oleh Bapak Ir. Nurdin Mokoginta. Dan beliau bertugas selama 8 (Delapan) Tahun dan setelah itu diganti oleh Bapak Lance Loway. Masa dinas beliau di kantor pekerjaan Umum Kota Praja (PUK) selama 2 Tahun yakni dari Tahun 1999 sampai dengan Tahun 2001. Pada masa pemerintahan beliau yakni selang Tahun 2000 Dinas PU Kotamadya Gorontalo berubah nama lagi menjadi Dinas PU Kota Gorontalo. Saat itu mengalami perubahan bagian-bagian yakni Bagian Tata usaha, Seksi Bina Marga, Seksi Pengairan, Seksi Cipta Karya, Seksi Perencanaan.
Dan setelah Bapak Lance Loway diganti Kepala kantor Pekerjaan Umum Kota Praja diganti oleh Bapak Ir. Kusnan Sudrajat. Beliau bertugas di kantor Pekerjaan Umum Kota Praja selama 7 Tahun yakni dari Tahun 2001 sampai dengan tahun 2008. Pada masa beliau memimpin PUK pada tahun 2004 Dinas Pekerjaan Umum Kota Gorontalo berubah berdasarkan Peraturan Daerah Nomor 15 Tahun 2004, tanggal 24 Juni 2004, dan Pelaksanaan Peraturan Daerah ini diatur dengan Surat Keputusan Walikota Gorontalo Nomor 16 Tahun 2004, tanggal 2 Juli 2004, dimana Dinas Pekerjaan Umum Kota Gorontalo terdiri dari 1 (satu) bagian, yakni Bagian Tata Usaha dan 4 (empat) bidang, masing-masing Bidang Pengairan, Bidang Bina Marga, Bidang Cipta Karya dan Bidang Sarana dan Prasarana. Saat itu dibawah pimpinan Bapak Kusnan Sudrajad.
Pada Tahun 2008 yakni sejak tanggal 19 Agustus 2008 sampai dengan sekarang ini Dinas Pekerjaan Umum Kota Gorontalo dipimpin Ir. Ha. Hendritis S. Saleh, M.Si sebagai Kepala Dinas berdasarkan SK Walikota Gorontalo Nomor 821.2/BKD-DIKLAT/1526, tanggal 19 Agustus 2008. Dengan adanya Peraturan Daerah Kota Gorontalo Nomor 5 Tahun 2009 tanggal 10 Agustus 2009 tentang Perubahan Atas Peraturan Daerah No. 3 Tahun 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Dinas Daerah Kota Gorontalo Dinas Pekerjaan Umum Kota Gorontalo yang terdiri dari Sekretariat dan 4 (empat) Bidang, masing – masing Bidang Pengairan, Bidang Bina Marga, Bidang Cipta Karya dan Bidang Keuangan. Sesuai Peraturan Daerah Nomor 5 Tahun 2009 tentang Perubahan Atas Peraturan Daerah Nomor 3 Tahun 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Dinas Daerah Kota Gorontalo. Bahwa Dinas Pekerjaan Umum Kota Gorontalo berubah menjadi Dinas Pekerjaan Umum dan Kimpraswil Kota Gorontalo yang Susunan Organisasi terdiri dari Kepala Dinas, Sekretaris, Bidang Cipta Karya, Bidang Bina Marga, Bidang Pengairan, Bidang Perumahan Rakyat, Unit Pelaksanaan Teknis Dinas dan Kelompok Jabatan Fungsional.
Kantor Dinas Pekerjaan Umum Kota Gorontalo terletak di Jalan Rajawali No. 16, Kelurahan Heledulaa Selatan, Kecamatan Kota Timur, Kota Gorontalo. Bangunan Kantor konstruksi dua lantai dimana Dinas Pekerjaan Umum dan Kimpraswil Kota Gorontalo berkantor di lantai bawah, sedangkan pada lantai atas ditempati oleh Badan Lingkungan Hidup. Dinas Pekerjaan Umum juga mempunyai sebuah bangunan Laboratorium Konstruksi dan Gudang Alat Berat, serta 5 (lima) unit Rumah Dinas. Jumlah pegawai yang mendukung pelaksanaan tugas pokok dan fungsi dalam tahun 2015 sebanyak 108 orang.